Od 1945 pracował na Uniwersytecie Adama Mickiewicza w Poznaniu, początkowo bezpłatnie, ale już od 1946 jako młodszy asystent seminarium historycznego i w kilka miesięcy później adiunkt[4]. W 1947 habilitował się, ale ze względów politycznych habilitacja nie została zatwierdzona przez władze centralne.
W 1955 otrzymał Srebrny Krzyż Zasługiza zasługi w pracy naukowej i dydaktycznej[7]. Od 1955 zajmował stanowisko docenta, od 1957 profesora nadzwyczajnego, a od 1968 profesora zwyczajnego. W latach 1958–1975 kierował Zakładem Historii Kultury Polskiej (do 1969 Katedra). W 1959 roku wydał pierwszy w literaturze polskiej podręcznik Genealogia, do którego dołączył 183 tablice genealogiczne polskich rodów monarszych i państw ościennych oraz polskich rodów możnowładczych.
Był jednym z redaktorów edycji Liber chamorumWaleriana Nekandy Trepki (1963). Pracował nad nowoczesnym herbarzemMateriały historyczno-genealogiczne do dziejów wielkiej własności w Wielkopolsce. Nie zdołał go ukończyć, ale pozostawił ponad 200 tysięcy rejestrów źródłowych, które znajdują się w Bibliotece KórnickiejPolskiej Akademii Nauk i zostały wydane w formie elektronicznej jako Teki Dworzaczka[8].
15 października 2007 w Archiwum Państwowym w Poznaniu odsłonięta została tablica pamiątkowa w hołdzie Włodzimierzowi Dworzaczkowi oraz zorganizowana została poświęcona jego osobie wystawa. Pobliski skwer nazwano jego imieniem w 2014.
Wybrane publikacje
Archiwum Czapskich w Smogulcu, Poznań 1938.
Schlichtingowie w Polsce, Warszawa: Gebethner i Wolff 1938.