Klub powstał w latach 40. XX wieku i przez pierwsze kilkadziesiąt lat występował na niższych szczeblach rozgrywkowych[1].
W 1986 roku zespół, dotychczas występujący pod nazwą Tepa na czwartym szczeblu rozgrywek, dołączył do trzeciej ligi meksykańskiej i zmienił nazwę na Alteños de Tepatitlán[2]. W 1990 roku został z kolei przemianowany na Deportivo Tepatitlán[2]. W trzeciej lidze występował w latach 1986–1992, rozgrywając derbowe spotkania z Industriales de Tepatitlán[3][4]. W 1992 roku drużyna wygrała trzecią ligę i awansowała tym samym do drugiej ligi[5]. Tam grała w latach 1992–1994, po czym miała miejsce gruntowna reforma rozgrywek, a Tepatitlán sprzedał swoją licencję klubowi Delfines de Puerto Vallarta i zakończył działalność[6].
W 1999 roku zespół został reaktywowany za sprawą starań władz miasta Tepatitlán[4]. W 2015 roku właścicielem klubu został przedsiębiorca Manuel Lobato, a drużyna dołączyła do trzeciej ligi meksykańskiej[4], początkowo jako klub partnerski drugoligowego Atlético San Luis[7]. Rozpoczęto też modernizację Estadio Gregorio „Tepa” Gómez, domowego obiektu klubu[4]. W 2017 roku klub został sprzedany firmie IQ Finanzas, w której koordynatorem sportowym był Raúl Arias[8][9][10]. W jesiennej fazie Apertura 2017 drużyna wygrała trzecią ligę[4]. W 2018 roku w obliczu problemów finansowych Tepatitlán ponownie został przejęty przez Manuela Lobato, który uregulował zaległości klubu[8][11]. W tym samym roku Tepatitlán wygrał baraż o awans do drugiej ligi, jednak z powodu niespełnienia wymagań licencyjnych nie został dopuszczony do rozgrywek[12][13]. Zamiast tego klub otrzymał wyłącznie nagrodę finansową w wysokości 10 milionów pesos meksykańskich[8][11].
W lipcu 2018 właścicielami Tepatitlán zostali Carlos Martín del Campo i Víctor Flores Cosío, w przeszłości związani jako działacze z pierwszoligowym Atlas FC[14][15]. W 2020 roku Tepatitlán został przyjęty do drugiej ligi meksykańskiej, wracając tym samym na drugi szczebel po 26 latach przerwy[16]. Zmieniono wówczas nazwę klubu z CD Tepatitlán de Morelos na Tepatitlán FC[15]. W sezonie Apertura 2021 zespół wygrał drugą ligę, zaś w 2022 roku zdobył superpuchar drugiej ligi, dzięki czemu został oficjalnym członkiem rozgrywek (do tej pory występował w nich ze statusem klubu zaproszonego)[17].