Harper dorastał w wiosce Easington w hrabstwie Durham. Od najmłodszych lat interesował się piłką nożną, jako dziecko był kibicem Liverpoolu a bramkarz tego zespołu, Bruce Grobelaar, był jego idolem[1]. Pierwszym meczem piłkarskim jaki obejrzał było wygrane 2:0 spotkanie Liverpoolu na Anfield rozegrane w sezonie 1982/1983. Harper uczęszczał do Easington Comprehensive School[2]. Później uczył się także na University of Liverpool[1].
Kariera
Swoją piłkarską karierę rozpoczynał w 1992 w zespole Seaham Red Star. Rok później podpisał zawodowy kontrakt z Newcastle United.
Harper walczył z Givenem o miejsce w podstawowym składzie, najlepiej poradził on sobie w sezonie 1998/1999, kiedy to zagrał w ośmiu ligowych meczach. Anglik grał także w finale Pucharu Anglii w tym sezonie, który jednak jego klub przegrał 2:0 z Manchester United. Ówczesny szkoleniowiec Newcastle, Ruud Gullit twierdził, że Harper bardziej zasługiwał na grę niż Given. Jednak na początku sezonu 1999/2000 Gullit przestał być trenerem zespołu i Harper stał się drugim bramkarze. Mimo to Anglik wystąpił w niemal 30 ligowych spotkaniach tego sezonu z powodu kontuzji Irlandczyka. Kiedy on jednak powrócił, Harper dalej zasiadał na ławce rezerwowych.
W 2002 zaliczył kilka występów w Lidze Mistrzów, między innymi z Juventusem, w którym jego zespół wygrał 1:0 a on sam zachował czyste konto[3]. Wygrana ta zapewniła Newcastle awans do fazy pucharowej.
Harper złożył prośbę o transfer do innego klubu jako przyczynę podając brak miejsca w podstawowym składzie (to samo zrobił Given w grudniu 2000, kiedy stracił miejsce w składzie na rzecz Harpera). W czasie gry w Newcastle Anglik był łączony z odejściem do West Bromwich Albion[4], Celtiku Glasgow[5], Watford[6], Rangers[7] oraz Liverpoolu[8], jeden żaden z tych transferów nie doszedł do skutku.
Swoją chęć gry w pierwszym składzie ponownie wyraził w czerwcu 2006[9], jednak trener Glenn Roeder namawiał go do pozostania w zespole. Spowodowało to, że Anglik przedłużył swój kontrakt z klubem z St James’ Park do czerwca 2009. Kontuzja, którą nabawił się Given na początku sezonu 2006/2007 dała szansę pokazania się Harperowi w pierwszym zespole. Jego pierwszym ligowym spotkaniu od 15 miesięcy był przegrany 2:0 mecz z Liverpoolem we wrześniu 2006 roku[10]. Przy drugiej bramce, którą zdobył Xabi Alonso lobem z 60 metrów, Harper poślizgnął się i nie udało mu się obronić strzału. Mimo to Anglik zaliczył jeszcze kilka innych występów w tym sezonie. Harper z powodu trzeciej kontuzji Givena wystąpił także w spotkaniu z Chelsea F.C., w którym zachował czyste konto. Był to pierwszy sezon od 2001, w którym Harper występował w kolejnych ligowych spotkaniach[10].
26 lipca 2007 Harper zagrał jako napastnik w towarzyskim spotkaniu z Celtikiem Glasgow, w którym wszedł z ławki rezerwowych. Harper kontynuował grę jako bramkarz w sezonie 2007/2008 pod wodzą nowego szkoleniowca, Sama Allardyce’a. Given borykał się z kontuzją a Tim Krul przebywał na wypożyczeniu w Falkirk, więc Harper bronił przez pierwsze sześć ligowych pojedynków, w dwóch z nich zachował czyste konto. Gdy jednak Given był w pełni sił Anglik stracił miejsce w składzie. Kolejna kontuzja Irlandczyka spowodowała jednak, że Harper coraz częściej grał w wyjściowej jedenastce pod wodzą nowego trenera, Kevina Keegana. Po serii dobrych meczów, Harper wiązany był odejściem z Newcastle. Jego pozyskaniem zainteresowany był Liverpool, gdzie Anglik miał pełnić rolę zmiennika Reiny[8]. Keegan chciał jednak zatrzymać Harpera w swojej drużynie[11] i transfer nie doszedł do skutku.
W styczniu 2009 Harper przedłużył swój kontrakt z klubem do 2012, który będzie jego dziewiętnastym sezonem w Newcastle[12]. W tym samym miesiącu Shay Given przeszedł do Manchesteru City i po prawie 16 latach spędzonych w klubie Harper stał się podstawowym bramkarzem swojego zespołu[13].
19 maja 2013 zagrał swój ostatni mecz w barwach Newcastle United. Jego klub przegrał 0-1 z Arsenalem.
15 lipca podpisał roczny kontrakt z beniaminkiem Premier League – Hull City, w którym występował do 2015.[14]
22 stycznia 2016 podpisał kontrakt z Sunderlandem do końca sezonu 2015/16, będąc trzecim bramkarzem zespołu, w którym występowali także Jordan Pickford i Vito Mannone. Zawodnikiem Sunderlandu był do 10 czerwca, po czym zakończył karierę piłkarską.