Film zaczyna się retrospekcją do XXIII wieku, chwilą uroczystego opuszczenia doku nowego okręty flagowego Gwiezdnej Floty – Enterprise-B. Na dziewiczy rejs zaproszone zostają żywe legendy, starsi oficerowie z poprzedniego Enterpise: James T. Kirk, Montgomery Scott oraz Pavel Chekov. Dowództwo objął młody i niedoświadczony Kapitan John Harriman. W trakcie lotu Enterprise odbiera sygnał SOS od dwóch El-Auriańskich statków, uwięzionych w bliżej niezidentyfikowanej anomalii kosmicznej. Statek nie mając jeszcze pełnego wyposażenia w trakcie misji ratunkowej sam zostaje uwięziony. Dopiero doświadczenie „starej” załogi ratuje Enterprise, co Kirk przypłaca życiem.
Następna scena ma już miejsce w docelowym czasie akcji filmu, czyli XXIV wieku, na pokład Enterprise-D. Odbiera on bowiem wezwanie pomocy z federacyjnego obserwatorium naukowego, które jak się okazuje zostało zaatakowane przez Romulan. Jedynym ocalałym jest naukowiec El-Auriańskiego pochodzenia, Doktor Tolian Soran. Podczas wnikliwej analizy stacji przez załogę Enterprise, Soran przedostaje się do jej ukrytej części i odpala rakietę w stronę gwiazdy, wokół której orbituje stacja – Amargosy. Po chwili pojawia się klingońskiBird of Prey, zabierając Sorana i Geordiego La Forge’a – członka załogi. Następnie ucieka, nie dając Enterprise szansy na pościg.
