Prefektura utworzona została w ślad za reformami administracyjnymi cesarza Konstantyna I Wielkiego, który ok. 326–328 r. n.e. ustanowił trzystopniową organizację Cesarstwa. prefektury podzielone były na diecezje cywilne, te zaś z kolei na prowincje.
Prefektury Ilirii i Italii, wraz z pozostałymi dwiema prefekturami, Prefekturą Galii (Praefectura praetorio Galiarum) i Prefekturą Orientu (Praefectura praetorio Orientis), tworzyły strukturę, która nawiązywała do idei organizacji Cesarstwa i systemu rządów w ramach tetrarchii wprowadzanej przez cesarza Dioklecjana od roku 286.
Zasięg terytorialny
W ciągu IV wieku Prefektura Ilirii miała zmienny zasięg terytorialny, a przejściowo (361–374) została likwidowana. Reaktywowana przez cesarza Gracjana w latach 375–379 składała się z:
Po 379 r. Illyricum occidentale jako Diecezja Iliria Dioecesis Illyricum została włączona ponownie do prefektury Italii, zaś obie diecezje Illyricum orientale zostały bezpośrednio podporządkowane cesarzowi rezydującemu wówczas w Tesalonice. W latach 384–387 diecezje Illyricum orientale ponownie znalazły się w prefekturze Italii, 388–391 stanowiły osobną prefekturę, 392–395 ponownie podporządkowane Italii[1].
W związku z najazdami plemion, w tym Słowian, kolejne terytoria prefektury przestawały znajdować się pod kontrolą rzymską (bizantyńską). W VII wieku pod władzą cesarstwa pozostawały jedynie fragmenty Tracji z Konstantynopolem i Tesaloniką. W I połowie IX wieku prefektury i diecezje ostatecznie zostały zastąpione przez nową jednostkę – tem.