Jeden z wariantów znaku klubowegoJeden z wariantów znaku klubowego
Klub powstał w 1954 roku w wyniku włączenia kół sportowych FSO do zrzeszenia sportowego „Stal” i działał jako klub zakładowy Fabryki Samochodów Osobowych[4]. W 1972 roku drużyna przyjęła nazwę Stal-FSO Warszawa, pojawiły się też nowe sekcje sportowe, takie jak judo czy kolarstwo. W sezonie 1975/1976 zespół po raz pierwszy zagrał w centralnych rozgrywkach Pucharu Polski, gdzie odpadł po I rundzie (1/32 finału). W sezonie 1978/1979 Efesowcy wygrali rozgrywki grupy drugiej III ligi i awansowali na zaplecze ekstraklasy[1], doszli również do 1/16 finału Pucharu Polski, gdzie przegrali u siebie z Ruchem Chorzów 1:3. W 1979 roku przyjęto nazwę Międzyzakładowy Klub Sportowy Polonez Warszawa – od modelu samochodu FSO Polonez[4]. W sezonie 1979/1980 zespół występował w grupie wschodniej II ligi, na inaugurację rozgrywek rozegrano mecz ze Starem Starachowice, padł remis 1:1, a mecz przyciągnął 3000 widzów[5]. Frekwencja w II lidze wynosiła od 1000 do 4000 (derby z Ursusem Warszawa) widzów[5]. Polonezowcy po zdobyciu 26 punktów zajęli 13. miejsce, co spowodowało spadek do III ligi[1]. W 1983, 1986 i 1987 roku Polonez zdobył Puchar Polski na szczeblu Warszawskiego OZPN[6]. W latach 80. XX wieku klub wystąpił pięciokrotnie w centralnych rozgrywkach Pucharu Polski, jednak odpadał po I rundzie w sezonie 1981/1982 i 1986/1987, po II rundzie w sezonie 1980/1981 i 1987/1988, a w sezonie 1983/1984 drużyna po raz drugi w historii doszła do 1/16 finału, eliminując po drodze m.in. Polonię Warszawa, gdzie przegrała na własnym boisku z Górnikiem Zabrze 1:2[7]. Ostatni raz w rozgrywkach centralnych Polonez zagrał w sezonie 1987/1988 III ligi, gdzie zajął 12. miejsce i spadł do IV ligi. Na przełomie 1993 i 1994 roku FSO zaprzestała sponsorowania zespołu, w wyniku czego został on rozwiązany[3].
Do 1990 roku w drużynie występował Wojciech Kowalczyk – reprezentant Polski w piłce nożnej, który w 1992 roku zdobył z kadrą narodową srebrny medal na igrzyskach olimpijskich w Barcelonie[8].
W marcu 2007 roku zostało założone Stowarzyszenie Piłkarskie Polonez Warszawa, nawiązujące nazwą do MZKS Polonez i występujące na stadionie przy Łabiszyńskiej, prowadzące tylko piłkarskie grupy młodzieżowe[9].
Zespół rozgrywał również swoje spotkania na stadionie przy ulicy Blokowej, który posiada trybuny na 400 miejsc i oświetlenie składające się z sześciu masztów[12]. Na tym obiekcie w sezonie 1983/1984 Polonez rozegrał mecz w 1/16 finału Pucharu Polski z Górnikiem Zabrze, który obejrzało 3000 widzów[13].