Klub powstał w 1944 i kilkakrotnie zmieniał nazwę. Początkowo nazywał się KS Ognisko, a później kolejno: Kolejarz, Pogoń, MZKS Pogoń Start, MZKS Pogoń, aż w końcu w 1992 przybrał obecną nazwę: MKS Pogoń Siedlce.
Sekcja rugby w sezonie 2008/2009 spadła do I ligi, sezonie 2011/2012 awansowała do Ekstraligi