Obecny kościół został poświęcony 6 października 1899 roku. Parafia została erygowana w lipcu 2009. Obecnym proboszczem parafii jest ks. ppłk Sławomir Pałka (od lipca 2013), który został przeniesiony z parafii wojskowej pw. św. Augustyna w Złocieńcu.
Pod koniec XIX w. z macierzystej parafii ewangelicko-augsburskiej Bożego Ciała w Gdańsku uzyskano działkę na budowę kościoła. Do 1945 roku świątynia przy obecnej ul. Słowackiego służyła niemieckiemu garnizonowi, a przed I wojną światową dla pułku elitarnej cesarskiej kawalerii pruskiej.
Świątynię zaprojektował meklemburski architekt Moeckel. Kościół ten jako jeden z niewielu gdańskich kościołów „przeżył” działania wojenne. Po wojnie świątynia została przekazana Wojsku Polskiemu. W wyniku przemian 1989 roku biskup polowy w roku 1991 ustanowił parafię wojskową pw. św. Apostołów Piotra i Pawła, a 30 czerwca 2009 roku powstała parafia Wojskowo – Cywilna pw. Matki Odkupiciela wydzielona z parafii Najświętszego Serca Jezusowego w Gdańsku Wrzeszczu. Pierwszym proboszczem parafii Wojskowo-Cywilnej przy kościele garnizonowym został ks.ppłk Krzysztof Karpiński (do 2010). Obecnie proboszczem (od 2019) jest ks. prał. ppłk Wiesław Okoń.
