Monaster został powołany dekretem arcybiskupa lubelskiego i chełmskiegoAbla 15 sierpnia 2003. Powołanie wspólnoty monastycznej nawiązywało do wielowiekowej obecności prawosławia w Kostomłotach (co najmniej od XVII wieku we wsi znajdowała się murowana cerkiew), do 1947 istniała parafia. Dekret arcybiskupa mianował pierwszym przełożonym monasteru ihumenaAmbrożego (Goduna).
W 2022 r. w monasterze przebywał jeden mnich – archimandryta Ambroży[2].
Krzyż upamiętniający pochodzącego z Kostomłotów archimandrytę Nikona (Potapczuka)
Budynki monasterskie były budowane od podstaw. Kamień węgielny pod główną cerkiew poświęconą św. Serafinowi z Sarowa położono 23 listopada 2003, prace budowlane trwały przez półtora roku. Drewniana cerkiew, sprowadzona z miejscowości Dobrowoda, została gruntownie zrekonstruowana oraz na nowo wyposażona. Świątynię konsekrowali 3 maja 2005 arcybiskup Abel oraz metropolita warszawski Sawa.
