Urodził się jako potomek najzamożniejszej linii rodu Czapskich, posiadającej odziedziczone po Radziwiłłach wielkie majątki w Wielkim Księstwie Litewskim i na Wołyniu. Jego ojcem był wojewodzic chełmiński Stanisław (1779–1845), siostrzeniec księcia Panie Kochanku, właściciel Kiejdan, a matką kasztelanka mińska Zofia z Obuchowiczów.
Pierwsze nauki pobierał w Wilnie, w szkole pijarskiej w Warszawie i na koniec w Berlinie, gdzie zdał maturę w 1832. W roku 1833 podjął studia prawnicze na uniwersytecie w Charkowie, które ukończył ze stopniem kandydata (w rosyjskim systemie odpowiednik doktora) prawa. W okresie do śmierci ojca podróżował po Europie, badając sztukę zakładania ogrodów angielskich i historię oraz hodowlę konia. W 1845 przejął Kiejdany i doszedł do wysokich stanowisk w samorządzie szlacheckim, marszałka szlachty w pow. kowieńskim i w 1852 marszałka szlachty guberni kowieńskiej.
W 1863 przyłączył się do powstania styczniowego, wspierając powstańców finansowo; po klęsce powstania otrzymał w 1864 karę katorgi na Syberii i spędził trzy lata na zesłaniu w Tomsku, zaś dobra kiejdańskie zostały skonfiskowane przez rząd carski. W latach 1867–1871 Czapski przebywał w Dorpacie i wygłaszał odczyty o pszczelarstwie, które przetłumaczono na łotewski i wydano drukiem. W roku 1871 przeniósł się do Więckowic w Poznańskiem, które należały do jego zięcia Stanisława Brezy, i pracował tam prawie do śmierci nad swym dziełem o historii konia, które wydano w 1874 i które do dziś jest ważnym podręcznikiem hipologii. Współpracował także z wieloma czasopismami rolniczymi.
Pod pseudonimem Józef Znamirowski: Pszczelarz polski czyli przewodnik praktyczny w zajęciach pasiecznych wyłożony przystępnie dla pojęcia braci z ludu, Poznań 1863.
↑Grzegorz Karczmarz, Margarita Fiedorowna Chartanowicz, Komisje archeolograficzne i archeologiczne wileńskie w latach 1842–1915, „Kwartalnik Historii Nauki i Techniki” 1988, t. 33, nr 4. s. 965.