30 czerwca 2015 podczas I sesji Kapituły Generalnej Kościoła Starokatolickiego Mariawitów został wybrany na biskupa. Konsekracja biskupia odbyła się 29 sierpnia 2015 w Świątyni Miłosierdzia i Miłości w Płocku. 31 sierpnia 2015 podczas II sesji Kapituły Generalnej został wybrany na biskupa naczelnego Kościoła Starokatolickiego Mariawitów[6].
11 lutego 2023 Kapituła Generalna Kościoła Starokatolickiego Mariawitów podjęła uchwałę o zakończeniu Kadencji Biskupa Naczelnego
bp. M. Karola Babiego, z zachowaniem funkcji biskupa Diecezji warszawsko-płockiej[7][8]. 5 września 2023 Kapituła Generalna ukarała bp. Babiego za niegospodarność, naruszanie procedur finansowych, jednoosobowe podejmowanie decyzji finansowych i prowadzenie działań niezgodnych z interesem Kościoła zawieszeniem w pełnieniu funkcji biskupich od 15 października 2023. Kara obejmuje zakaz noszenia insygniów urzędu (krzyż, mitra, pastorał) i sprawowania sakramentów zastrzeżonym biskupom, a także uczestniczenia w uroczystościach kościelnych i państwowych i reprezentacji Kościoła wobec władz. Ponadto bp Karol ma zostać odwołany z Płocka i skierowany przez Radę Kościoła do innej parafii[9][10].