Klub założony został w 1907 roku, co czyni go jednym z najstarszych w Portugalii. Choć nie jest powszechnie znany poza granicami kraju, w latach 60. regularnie występował w rozgrywkach na szczeblu europejskim. W 1961 roku zdobył również Puchar Portugalii, pokonując w finale drużynę FC Porto. Rok później klub dotarł do ćwierćfinału Pucharu Zdobywców Pucharów, co było największym jak dotąd sukcesem drużyny na arenie międzynarodowej. W pierwszej rundzie pokonali w dramatycznych okolicznościach szwajcarskiFC La Chaux-de-Fonds - Leixões wygrał u siebie 5-0 po porażce 2-6 na wyjeździe. Jest to najwyższy tego typu wynik w historii PZP.
Po głębokim kryzysie, jaki przechodził później zespół, w 2002 roku ponownie dostał się on do finału pucharu kraju, zwyciężając nad jedenastką Sportingu Braga 3-1. Pomimo przegranej 0-1 z późniejszym mistrzem Portugalii SportingiemLizbona, drugoligowa drużyna zakwalifikowała się do europejskich pucharów. Leixões odpadł w pierwszej rundzie Pucharu UEFA po występie w Salonikach, gdzie przegrał w zaciętym spotkaniu z miejscowym PAOK-iem 3-5 (pierwszy mecz zakończył się zwycięstwem Portugalczyków 2-1). W tym samym roku klub zdegradowany został do miejscowego odpowiednika trzeciej ligi, by powrócić do Liga de Honra po jednym sezonie. Dwa lata później w pechowy sposób uniknął awansu do Primeira Liga, pozostając pomimo zajęcia 3. miejsca na zapleczu najwyższej klasy rozgrywkowej w związku z jej reorganizacją. W 2007 roku zespół powrócił ostatecznie do I ligi po osiemnastu latach przerwy. Obecnie gra na drugim poziomie ligowym w LigaPro.
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe