W 2007 został przesunięty do pierwszej drużyny FC København[1]. Grał w niej przez dwa sezony, po których przeszedł do Stavanger IF. W 2010 został zawodnikiem Fimleikafélag Hafnarfjarðar[2]. Jego pobyt w tym klubie nie był udany z powodu licznych kontuzji oraz wypadku samochodowego[3]. W styczniu 2011 przeszedł do Fremad Amager[4]. Latem tego samego roku zakończył karierę piłkarską[2].
W latach 2013–2018 trenował młodzieżowe drużyny FC København[6]. W 2016 doprowadził drużynę do lat 17 do mistrzostwa Danii w tej kategorii wiekowej[7]. W 2018 został asystentem Ståle Solbakkena w pierwszym zespole klubu z Kopenhagi[8]. Rok później przeszedł do Viborg FF, gdzie został pierwszym trenerem[9]. 22 grudnia 2020 ogłoszono, że Neestrup od nowego roku powróci do pełnienia funkcji asystenta trenera FC København, pozostawiając Viborg na pierwszym miejscu w drugiej lidze duńskiej[6]. We wrześniu 2022 po zwolnieniu Jessa Thorupa został szkoleniowcem zespołu z Kopenhagi[10]. W sezonie 2022/23 wywalczył mistrzostwo oraz puchar Danii[11]. W następnym sezonie doprowadził klub do 1/8 finału Ligi Mistrzów[12].