Klub został założony w 1921 roku[1]. W 1986 roku Gondomar SC po raz pierwszy wystąpił w Pucharze Portugalii. W 1. rundzie uległ wówczas 1:2 zespołowi FC Marco[2]. W 2003 roku Gondomar SC dotarł do 1/16 finału Pucharu Portugalii. W 1/32 finału pokonał Benfikę 1:0 w Lizbonie, a z 1/16 odpadł po porażce 0:1 z FC Paços de Ferreira[3].
W sezonie 2003/2004 Gondomar SC wywalczył mistrzostwo Segunda Divisão i po raz pierwszy w swojej historii awansował do Segunda Liga (II ligi portugalskiej)[4]. Grał w niej przez pięć kolejnych sezonów. W sezonie 2008/2009 zajął ostatnie 16. miejsce w Segunda Liga i wrócił do Segunda Divisão[5].