W 1784 powrócił do Polski, początkowo do Warszawy, a od 1795 zamieszkał na stałe w Wilnie. Na Uniwersytecie Wileńskim objął kierownictwo nowo powstałej Katedry Rysunku i Malarstwa (1797). Był to początek tzw. wileńskiej szkoły malarskiej. W latach 1800–1801 na zaproszenie cara Pawła I przebywał w Petersburgu, gdzie wykonał dekorację malarską zamku Michajłowskiego.
Oprócz dzieł o tematyce historycznej (Cesarz Tytus nadaje prawa Rzymianom, 1785; Sesja Sejmu Czteroletniego 3 maja 1791, 1793; Przysięga Tadeusza Kościuszki na Rynku w Krakowie, 1797; Posłowie scytyjscy przed Dariuszem, po 1785), jak i alegorycznej (Kościuszko ratujący Polskę przed grobem) malował obrazy religijne (Wskrzeszenie Piotrowina), a także portrety (Portret rodziny Prozorów, 1789). Nie gardził również zleceniami na dzieła okolicznościowe (Zatwierdzenie ustawy nadanej włościanom w Pawłowie w 1769 r. przez Pawła Ksawerego Brzostowskiego, 1795). Jest autorem cyklu akwarel przedstawiających zabytki architektury Wilna (1785–1786), w tym rozebrane w XIX wieku mury obronne z bramami miejskimi.
W 1790 rozpoczął (nigdy niedokończony) cykl rysunków do serii graficznej Obrazy historii polskiej w stu rycinach będący ilustracją do Historii narodu polskiego pióra Adama Naruszewicza.
Siedem jego dzieł zdobi wnętrze kościoła Trójcy Świętej w najstarszym sanktuarium w Polsce na Świętym Krzyżu: „Trójca Przenajświętsza” [360 × 250 cm]; „Śmierć św. Józefa”; „Święty Emeryk”; „Święta Scholastyka na rozmowie z rodzonym bratem Benedyktem”; „Najświętsza Maryja Panna Niepokalanie Poczęta”, „Śmierć Świętego Benedykta” oraz "Znalezienie Krzyża Chrystusa przez Świętą Helenę"[5].
↑AndrzejA.RyszkiewiczAndrzejA., Smuglewicz Franciszek, [w:] Polski Słownik Biograficzny, t. 39, Warszawa-Kraków 1999–2000, s. 374-378.
↑Jerzy.J.MalinowskiJerzy.J., Malarstwo polskie XIX wieku, Warszawa: Wydawn. DiG, 2003, ISBN 83-7181-290-6, OCLC54704215. Brak numerów stron w książce
↑AleksandraA.BernatowiczAleksandraA., Malarze w Warszawie czasów Stanisława Augusta : status -- aspiracje -- twórczość = Painters in Warsaw during the reign of Stanisław August Poniatowski : status-aspirations-works, Warszawa 2016, ISBN 978-83-65630-41-4, OCLC992561770 [dostęp 2020-05-13]. Brak numerów stron w książce
↑JustynaJ.GuzeJustynaJ., Złoty Dom Nerona : wystawa w 200-lecie śmierci Franciszka Smuglewicza, Warszawa: Muzeum Narodowe w Warszawie, 2008, ISBN 978-83-7100-841-2, OCLC272271622 [dostęp 2020-05-13]. Brak numerów stron w książce
↑JanJ.JastrzębskiJanJ., Święty Krzyż. Przewodnik po Sanktuarium Relikwii Drzewa Krzyża Świętego., Wrocław 2011, ISBN 978-83-62013-97-5. Brak numerów stron w książce
Bibliografia
Franciszek Smuglewicz - nota biograficzna. zlotydom.mnw.art.pl. [zarchiwizowane z tego adresu (2012-09-21)]. (K. Załęski, Franciszek Smuglewicz, [w:] W kręgu wileńskiego klasycyzmu, kat. wyst. Muzeum Narodowe w Warszawie 2000, s. 559-561)