W 1806 rodzina królewska została zmuszona do ucieczki z Neapolu na Sycylię, a lord William Bentinck – brytyjski rezydent, ustanowił konstytucję i pozbawił Ferdynanda I całej jego władzy. W 1812 Franciszek został mianowany regentem. Po upadku Napoleona Bonaparte, ojciec Franciszka powrócił do Neapolu i zniósł konstytucję wraz z autonomią. W 1816 Królestwo Neapolu i Królestwo Sycylii zostały połączone w Królestwo Obojga Sycylii, a Franciszek otrzymał oficjalny tytuł księcia Kalabrii. Jeszcze będąc następcą tronu, Franciszek miał liberalne poglądy, a kiedy w 1820 wybuchła rewolucja, zaakceptował regencję dążąc do uchwalenia nowej konstytucji, która jednak okazała się zbytnio liberalna nawet dla niego. Stąd, odziedziczywszy tron w 1825, Franciszek wyznawał już bardziej konserwatywne poglądy.
Właściwie nie brał udziału w "rządzeniu" państwem, rządy zostawił w rękach swoich faworytów oraz urzędników. Sam żył szczęśliwie ze swoimi kochankami, ale otoczył się przez wojsko, bojąc się zamachu na swoje życie. Podczas całego jego panowania jedyne powstanie, jakie wybuchło miało miejsce w Cilento, w 1828 i dowodził nim markiz Delcarretto – były liberał.
Podczas swoich rządów ustanowił, Królewski Order Franciszka I – nagrodę za zasługi obywatelskie.
Małżeństwa i potomstwo
Pierwsza żona Franciszka – Maria Klementyna
25 czerwca1797 w Foggii poślubił swoją siostrę cioteczną, która była jednocześnie jego siostrą wujeczną – arcyksiężniczkę Marię Klementynę, córkę cesarza Leopolda II i Marii Ludwiki córki Karola III króla Hiszpanii. Ich dziećmi byli:
