Klub został założony w 1991 w wyniku fuzji Alliance Dudelange, Stade Dudelange i US Dudelange. Wszystkie te kluby wygrywały w przeszłości zarówno krajową ligę, jak i puchar, ale każdy z nich przeżywał właśnie trudne czasy. Nowy zespół stworzono w celu uzyskania większej stabilizacji, sportowej, jak i finansowej.
Droga klubu do czołówki ligi luksemburskiej trwała kilka lat. Stade Dudelange i US Dudelange grały wcześniej w trzeciej lidze Luksemburga, natomiast Alliance w drugiej. Nowy zespół zajął miejsce tej ostatniej drużyny w sezonie 1991/92.
F91 awansował do ekstraklasy już pierwszym sezonie i wkrótce stał się solidnym zespołem środka tabeli do końca sezonu 1996/97. W późniejszych latach klub grał coraz lepiej, by w końcu w roku 2000 przełamać dotychczasową hegemonię Jeunesse Esch i zdobyć mistrzostwo kraju przewagą 11 punktów nad drugą drużyną.
W sezonie 2004/05 Dudelange grając w eliminacjach Ligi Mistrzów jako pierwszy w historii klub z Luksemburga awansowało do drugiej rundy, po pokonaniu bośniackiego Zrinjskiego Mostar. W kolejnej fazie jednak łatwo przegrało ze Slovanem Bratysława (0:3 u siebie i 1:2 na wyjeździe), kończąc swoją przygodę z rozgrywkami.
W sezonie 2005/06 zespół po raz pierwszy w swojej historii sięgnął po dublet, zdobywając mistrzostwo i puchar Luksemburga.
W sezonie 2006/07 drużyna powtórzyła osiągnięcia z poprzedniego sezonu, także zdobywając dublet, a współtwórcą sukcesu był Polak Tomasz Gruszczyński – strzelec bramki w finałowym meczu Pucharu Luksemburga.
W sezonie 2011/12 ponownie udało im się przebrnąć pierwszą rundę kwalifikacji do Ligi Mistrzów. Tym razem pokonali 4:0 w dwumeczu FC Santa Coloma. W drugiej rundzie zbyt silny okazał się jednak słoweński NK Maribor. Luksemburczycy przegrali oba mecze (0:2 w Mariborze i 1:3 u siebie). Na „krajowym podwórku” F91 ponownie zdobyli oni dublet.
Do najdalszej rundy eliminacji w Lidze Mistrzów dotarli w sezonie 2012/2013. W pierwszej rundzie eliminacji pokonali w dwumeczu SP Tre Penne 11:0, by w drugiej rundzie sprawić wielką sensację i wyeliminować austriacki Red Bull Salzburg (1:0 w pierwszym meczu u siebie oraz 3:4 na wyjeździe). Ich rywalem w trzeciej rundzie eliminacji był NK Maribor. W pierwszym meczu na wyjeździe przegrali 1:4, a następnie grając u siebie, przegrali 0:1.
W sezonie 2018/19 jako pierwszy klub w historii Luksemburga Dudelange zagrał w Lidze Europy. W kwalifikacjach pokonali Dritę Gnjilane, Legię Warszawa i CFR Cluj. W fazie grupowej, Luksemburczycy zdobyli jeden punkt, zajmując ostatnie miejsce w tabeli[1]. W sezonie 2019/2020 ponownie awansowali do fazy grupowej Ligi Europy – zdobyli w niej cztery punkty, ostatecznie ponownie kończąc swój udział na 4. miejscu[2].
