Z inicjatywy księcia Ottona Henryka (1556-1559) zbiory te połączono z biblioteką uniwersytecką oraz biblioteką pałacową, tworząc Bibliotheca Palatina. Nowa biblioteka powstała na wzór biblioteki uniwersytetu w Wittenberdze, lecz w przeciwieństwie do niej nie znajdowała się na zamku a w centrum miasta, w kościele św. Ducha. Po wprowadzeniu reformacji, konsolidacja biblioteki oraz przemianowanie uniwersytetu na wyższą szkołę ewangelicką, pozwoliły Ottonowi Henrykowi stworzyć potężne centrum edukacji protestanckiej.
Posiadając tak cenne zbiory, biblioteka uchodziła za “matkę wszystkich bibliotek”. Katolicy uważali ją za siedlisko herezji z uwagi na bogatą kolekcję teologicznych dzieł protestanckich. Kiedy w sierpniu 1622 r. Palatynat został zdobyty przez wojska ligi katolickiej pod dowództwem Tilly’ego, książę bawarskiMaksymilian I chciał przenieść bibliotekę do Monachium. Musiał jednak odstąpić od tego zamiaru z uwagi na osobistą prośbę papieżaGrzegorza XV, który zarządził przewiezienie biblioteki do Rzymu[4]. Jedynie tzw. Biblia Ottona Henryka[5] oraz śpiewnik Ottona Henryka znalazły się w Monachium.
Wywóz zbiorów do Rzymu organizowany był już od grudnia 1622 r. przez wysłańców papieskich oraz późniejszego bibliotekarzaBiblioteki WatykańskiejLeo Allatiusa (1586-1669). Do Watykanu zabrano również wybrane egzemplarze ze zbiorów innych bibliotek w Heidelbergu, m.in. z prywatnej biblioteki książęcej, biblioteki uniwersyteckiej, kancelarii książęcej oraz prywatnych zbiorów Jana Grutera ostatniego bibliotekarza Bibliotheca Palatina.
W sierpniu 1623 r. Biblioteka Watykańska otrzymała 184 skrzynie z ok. 3.500 manuskryptów oraz 12.000 starodruków, w większości pozbawionych okładek, by zmniejszyć ciężar ładunku[6]. Druki te zostały ponownie oprawione w XVII w. Ponieważ już Otto Henryk pooprawiał większość ksiąg, w zbiorach Palatiny rzadko trafiają się egzemplarze z oryginalną okładką sprzed 1550 r.
Zgodnie z postanowieniami traktatu z Tolentino (1797) papież podarował 37 manuskryptów Republice Francuskiej. Podarunek został zdeponowany w Bibliotece Narodowej w Paryżu. Na mocy ustaleń kongresu wiedeńskiego dotyczących zwrotu dzieł sztuki zagrabionych przez Francję, manuskrypty te zwrócono Niemcom a nie Rzymowi. W 1816 r. książę pruskiKarl August von Hardenberg oraz Ignaz Heinrich von Wessenberg uprosili papieża Piusa VII, by podarował niemieckojęzyczne manuskrypty uniwersytetowi w Heidelbergu. 852 manuskrypty wróciły do biblioteki uniwersyteckiej w Heidelbergu w 1816 r.
Czasy współczesne
Liczne starodruki oraz rękopisy w innych językach (niż jęz. niemiecki) znajdują się do tej pory w zbiorach watykańskich. Większość starodruków należy do kolekcji Stampati Palatini. W latach 1989-95 wydawnictwo Saur-Verlag z Monachium sporządziło mikrofilmy i opublikowało ponad 21.000 mikro-fiszek.
W 1998 r. biblioteki uniwersytecka i miejska w Kolonii odnalazły 67 tomów pochodzących z dawnych zbiorów Bibliotheca Palatina.
Od 2003 r. 27 ilustrowanych manuskryptów z Bibliotheca Palatina jest dostępnych w formacie elektronicznym[7].
↑Rękopis znalazł się w bibliotece dworskiej w Monachium. W 1632 r. został zabrany przez najeźdźców szwedzkich do Gothy, skąd w 1920 r. w wyniku wymiany powrócił (siedem tomów pozostających w Gocie) do Heidelbergu. Pozostałe dwa tomy odkupiła z rąk prywatnych Biblioteka Bawarii
Leonard Boyle, Elmar Mittler (Wyd.): Bibliotheca Palatina, Druckschriften, Mikrofiche-Ausgabe. Monachium: 1989-1995. ISBN 3-598-32919-9. (niem.). Brak numerów stron w książce
Elmar Mittler (Wyd.): Bibliotheca Palatina, Druckschriften, Katalog zur Mikrofiche-Ausgabe. Monachium: 1999. ISBN 3-598-32886-9. (niem.). Brak numerów stron w książce
Ludwig Schuba: Die medizinischen Handschriften der Codices Palatini Latini in der Vatikanischen Bibliothek. Wiesbaden: Dr. Ludwig Reichert Verlag, 1981. ISBN 978-388-226-0601. (niem.). Brak numerów stron w książce
Ludwig Schuba: Die Quadriviums-Handschriften der Codices Palatini Latini in der Vatikanischen Bibliothek. Wiesbaden: Dr. Ludwig Reichert Verlag, 1992. ISBN 3-88226-515-9. (niem.). Brak numerów stron w książce
Dorothea Walz: Die historischen und philosophischen Handschriften der Codices Palatini Latini in der Vatikanischen Bibliothek (Cod. Pal. Lat. 921 – 1078). Wiesbaden: Dr. Ludwig Reichert Verlag, 1999. ISBN 3-89500-046-9. (niem.). Brak numerów stron w książce
Wolfgang Metzger: Die humanistischen, Triviums- und Reformationshandschriften der Codices Palatini latini in der Vatikanischen Bibliothek (Cod. Pal. Lat. 1461 – 1914). Wiesbaden: Dr. Ludwig Reichert Verlag, 2002. ISBN 3-89500-214-3. (niem.). Brak numerów stron w książce