Budowę terminalu rozpoczęto w 1976 i został on zlokalizowany na obszarze tzw. portu zachodniego w Gdyni. 29 października1979 terminal obsłużył pierwszy statek – ROROMS Baltic Eagle, pływający dla serwisu Polanglia. Pod koniec lat dziewięćdziesiątych terminal osiągnął zdolność przeładunkową 250 tys. TEU.
W maju 2003 roku spółkę BCT-Bałtycki Terminal Kontenerowy kupiła filipińska korporacja ICTSI.
W roku 2011 spółka zatrudniała 280 pracowników i kontrolowała 27% polskiego rynku przeładunków kontenerowych.
Obecnie (2014) terminal ma zdolność przeładunkową 750 tys. TEU rocznie. Trwa proces inwestycyjny, mający na celu jej zwiększenie do 1,2 mln TEU[1].
22 marca2022 roku do BCT przypłynął kontenerowiec MSC GAIA, który jest jednocześnie najdłuższym i najbardziej pojemnym statkiem (366 metrów długości, 13 798 TEU) jaki kiedykolwiek zawinął do portu Gdynia[2].