Arthur Lee studiował w Eton College w Anglii, a w 1765 ukończył medycynę na Uniwersytecie Edynburskim (Szkocja), potem studiował prawo w Londynie i praktykował tam w latach 1770-1776.
Podczas wojny z Brytyjczykami, Kongres Kontynentalny wysłał go (1777) jako posła do Hiszpanii i Prus by szukać pomocy ze strony tych państw.