Flagget ligner Kenyas flagg med et blått triangel med en gullstjerne i som tillegg. Fargene sies å representere det sør-sudanske folk (sort), fred (hvit), blodet som har blitt spilt for fred (rød), landet (grønt) og Nilens vann (blå); gullstjernen, Betlehemsstjernen, representerer enhet i staten Sør-Sudan.
