Flåten ble etablert 13. mai1783 av Grigorij Potemkin, samtidig med at byen og flåtebasen Sevastopol ble etablert. Disse tiltakene var en del av konsolideringen og utviklingen av de nye store områdene som Det russiske keiserriket hadde sikret seg langs Svartehavet etter Küçük Kaynarca-traktaten og besettelsen av Krim-khanatet under ledelse av Potemkin, samme året som flåten ble etablert.
Flåten har siden den ble etablert, hatt en stor politisk og militær betydning for Russland. Allerede de første årene var den viktig i å sikre russisk innflytelse og kontroll i det sørøstlige Europa, og vant allerede i 1790 en viktig sjømilitær seier over Det osmanske riket i slaget ved Kertsjstredet under den russisk-tyrkiske krig (1787–1792).
Til tross for at fredsavtalen fra Paris etter Krimkrigen slo fast at Svartehavet skulle være demilitarisert, fikk området snart et russisk militært nærvær etter krigen.
Under første verdenskrig var det en rekke sammenstøt mellom Svartehavsflåten og fartøyer fra Det osmanske riket.
Sovjettiden
Under den russiske borgerkrigen ble store deler av flåten konfiskert av vestmaktene. Noen av disse ble overlevert på 1920-tallet, men de fleste ble erstattet av en storstilt nybygging og modernisering.
