Under Rheinland-Pfalz-Rundfahrt 2005 testet han positivt for doping, men kom tilbake til profflivet da det viste seg at medisinen ble tatt på grunn av pollenallergi og ikke var forbudt da.
Resultatene i 2005 førte til at Gerolsteiner skrev kontrakt med Schumacher før 2006-sesongen.
Stefan Schumacher tok sølv i VM i Stuttgart2007 etter Paolo Bettini og Aleksandr Kolobnev. Seks dager etter løpet ble han tatt for fyllekjøring. Det ble også funnet spor av amfetamin i blodet. Siden dette var utenfor konkurranse, og testen ble tatt av politiet, ble det ikke regnet som en positiv dopingprøve. I forkant av mesterskapet hadde Schumacher problemer med unormale blodverdier og fortalte da at han hadde diaré.[1]
I juli 2008 vant Schumacher den første tempoetappen, 4. etappe, i Tour de France. Han overtok ledelsen i sammendraget og fikk kjøre i gul trøye på de to neste etappene. Etter at Tour de France var over viste det seg at Schumacher hadde testet positivt på EPO.[2]