St. Johanneslogen Carl Johan er en frimurerlosje i Den Norske Frimurerorden (St. Johannesloge nr. 50), som ble grunnlagt den 14. oktober 1999 i Horten. Logen ble fra første stund underlagt Den Norske Store Landsloge.
Horten St. Johannes Broderforening ble grunnlagt den 23. februar 1906 underlagt St. Johanneslogen St. Olaus til de tre Søiler. Logen ble selvstendig i 1999. Logens valgspråk er Justitia et Fortitudine (Rettferdighet og Styrke).
Logen er oppkalt etter kong Karl III Johan, som var Stormester i Sverige. Navnet henspiller også på marinebasen Karljohansvern i Horten.