En har tidligere ment at det er fire skogmusarter i Europa: småskogmus, storskogmus, brannmus og bergmus. Etterhvert er flere «nye» arter blitt oppdaget, for eksempel dvergskogmus (Apodemus uralensis), og alpeskogmus (Apodemus alpicola). Det lever ofte tre til fire arter i samme område.
Slekten deles i fire underslekter: Karstomys (bergmus), Sylvaemus (elleve arter i Nordvest-Afrika, Europa og Vest-Asia), Alsomys (åtte arter i Øst-Asia), og Apodemus (brannmus og den kinesiskeA. chevrieri).