Senteret har også møtt en del kritikk for noen av sine aktiviteter. Da fylkestinget i Sør-Trøndelag vedtok å innføre fylkeskommunal boikott av Israel, ble dette av Simon Wiesenthal-senteret anklaget for å være et uttrykk for antisemittisme.[1] I forbindelse med Jostein Gaarders angrep på Israel sommeren 2006 anklager senteret ham for å være syk og for å representere mørkets krefter.[2] Senteret har også anklaget Venezuelas president Hugo Chávez for antisemittisme[3], og sammenlignet Irans president Mahmoud Ahmadinejad med Hitler.[4]