Simon Eder blir trent av faren, den tidligere VM-medaljøren i skiskyting Alfred Eder. Han debuterte internasjonalt i 2002 da han vant normaldistansen i junior-VM i Val Ridanna i Italia. I junior-VM 2004 i Haute Marienne i Frankrike tok han bronsemedalje på sprinten.
I sesongen 2006/07 endte han på 68.-plass sammenlagt i verdenscupen. I verdenscupløpene i Pokljuka i sesongen 2007/08 gikk han ankeretappen på stafetten, der Østerrike tok tredjeplassen, bare slått av Russland og Tyskland.
Han har en verdenscupseier på fellesstarten i Khanty-Mansijsk i sesongen 2008/09. I tillegg har han tre andreplasser og en tredjeplass. I VM i skiskyting 2009 i Pyeongchang, tok han sølvmedalje på 4 x 7,5 km stafett for Østerrike. Han kom på 12.-plass i verdenscupen i sesongen 2008/09.
