Romualdas Krikščiūnas studerte teologi og filosofi ved Kaunas-seminaret under kommuniststyret. Han ble ordinert til prest 12. september 1954.
Etter virke som kapellan i Kaunas fullførte han en doktorgrad i kanonisk rett ved Lateranuniversitetet i Roma fra 1959 til 1963. Han skrev avhandlingen på latin om den blandet sammensatte høyesterett i Storhertugdømmet Litauen. (Senere utgitt som Apie Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės mišrios sudėties Aukščiausiąjį tribunolą).
Fra 1963 til 2008 var han kansler i Vilkaviškis bispedurie . Fra 8. august 1963 underviste han i kirkerett ved Vilkaviškis-seminaret i tolv år.[3] Krikščiūnas arbeidet med Litauens implementeringsutfordringer vedrørende beslutningene fattet under Det andre Vatikankonsil. Fra 1969 til 2003 var han generalvikar for erkebispedømmet Kaunas. Fra 1973 til 2007 var han professor og kansler ved det teologiske seminar der.
I 1973 ble han dessuten utnevnt til apostolisk administrator i bispedømmet Panevėžys, under en særlig vanskelig periode der sovjetisk innflytelse var et særlig problen i den litauiske kirke.[5]
KGB-aktivitet: Krikščiūnas var allerede før han begynte på utenlandsstudiene blitt rekruttert av KGB til etterretningsarbeid i kretsene til det litauiske eksilpresteskap. Som «agent Solen» leverte han i likhet med sin medstudent Viktoras Butkus rapporter til sovjetiske myndigheter under studiene.[6]
Fratreden
Hans anmodning om å få trekke seg fra bispeembetet ble innvilget av pave Johannes Paul II i 1983, etter at hans underordnede ble mistenksomme.[6] Offisielt ble helsemessige årsaker og politisk press fra den kommunistiske regjeringen anført som årsaker.[7]
