Vaughan kom fra en meget religiøs familie. Blant annet var den første engelske kardinalen siden reformasjonen hans grandonkel. Søskenflokken var på fjorten søsken, og av disse ble fem av guttene prester. I tillegg til Roger ble også broren Herbert kardinal og erkebiskop av Westminster og broren John ble hjelpebiskop i Salford. Fire av de fem søstrene ble nonner.
Prest
I 1853 gikk han inn i Benediktinerordenen, og ble i 1855 sendt til Roma for videre utdannelse. I 1859 ble han ordinert til prest. Han vendte tilbake til England og virket som professor i filosofi før han ble utnevnt til prior for flere områder i et bispedømme. I denne perioden vant han ry for sitt intellekt.
Erkebiskop
Erkebiskop John Polding forsøkte fra 1866 å få Vaughan til sitt bispedømme i Sydney, men han lyktes ikke med å få han til Australia før i 1873. Da var han allerede utnevnt til titulær erkebiskop og skulle ta over etter Polding i Sydney når det var tid for dette. Fra 1874 til 1877 virket han som rektor for St John's College ved University of Sydney og i 1877 tok han over som erkebiskop i Sydney.
Virket hans som erkebiskop ble preget av at han ville få vekk den irske dominansen i kirken i landet, samt innføringen av statlig undervisning, noe som førte til at de katolske skolene mistet statsstøtte. Han støttet det kontroversielle arbeidet til Mary MacKillop og hennes nonneordens skoler. Han innviet også St. Mary's Cathedral i Sydney i 1882. Samme år kunngjorde han at han skulle ta en reise til Europa, noe han gjorde året etterpå. Han døde nær Liverpool dette året. I 1946 ble levningene hans flyttet til krypten i St. Mary's Cathedral.
