Innimellom innspillingene og turneene med Harvey har han vært involvert i en lang rekke andre prosjekter. Hans egne komposisjoner, som best kan beskrives som noe lignende den moderne «klassiske» musikken, er gitt ut på to innspillinger; Music for the home – Volume 1 fra 2000 og Music for the home – Volume 2 fra 2004. Bandet hans, Spleen, har spilt inn tre album: Soundtrack to Spleen fra 1996, Little Scratches fra 1998 og Nun Lover! fra 2006, og han har også spilt inn musikk under pseudonymet «Christmas».
Ellis har også bidratt som produsent, arrangør og musiker for artister som Marianne Faithfull, tidligere Ash-gitarist Charlotte Heatherley, Madrugada, Laika, Swell, Placebo, Pooka, Kitty Wu, Michael Partington, Marlene Kuntz, tidligere Trickyvokalist Martina Topley-Bird, Scott Walker, Ute Lemper, Lise Westzynthius, Nathalie Nordnes og Mick Harvey fra the Bad Seeds.
