Fra 1898 utførte han sammen med Frederick J. Bliss noen utgravninger i Det nære østen, blant annet ved Aseka. Fra 1900 til 1909 var han direktør av Palestine Exploration Fund. Under hans ledelse ble det foretatt nye utgravninger i Gezer. Denne var en av de første større vitenskapelige arkeologiske utgravninger i regionen. Der oppdaget man blant annet Gezerkalenderen, en vvært tidlig paleo-hebraisk kalendarisk inskripsjon.
I 1909 ble Macalister professor i keltisk arkeologi ved University College Dublin, og dette forble han til han gikk i pensjon i 1943. Han gjennomførte mange utgravninger og feltundersøkelser.
Fra 1924 til 1928 fungerte han som president for Royal Society of Antiquaries of Ireland og deretter til 1931 som preäsident for Royal Irish Academy. I denne rollen gikk han inn for beskyttelsen av arkeologiske funnfelt. Mange av hans forslag ble realisert i National Monuments Act av 1930. Som følge av denne loven ble National Monuments Advisory Council grunnlagt. Macalister var dets første formann. Han tilhørte også den nordirske ekvivalent av komiteen.
Etter at han gikk i pensjon bosatte han seg hos sin søster i Cambridge.
Verker i utvalg
Macalister var en aktiv forfatter og drev også med interdisiplinær forskning. Han skrev flere hundre artikler og mange bøker om irsk arkeologi, europeisk arkeologi og Midtøsten-arkeologi, og publiserte dessuten om irsk epigrafikk og om Midtøstens historie og språk.
Ecclesiastical Vestments: Their Development and History (1896) (Internet Archive)
