Qigang Chen kom fra en kunstnerfamilie, og flere av hans slektninger havnet i laogai-leirer under kulturrevolusjonen. Chen ble sendt til en ideologisk-omskolerings-leir.
Han fikk i 1977 adgang til høyere studier, og etterhvert anledning til å studere utenlands. Han var Olivier Messiaens student frem til 1988.