Før det amerikanske presidentvalget i 2004 sa biskop Jugis at katolske politikere som støtter abortrettigheter for kvinner bør nektes nattverd med mindre de offentlig trekker tilbake sine synspunkter.[2]
I 2005, etter publikasjonen av Missale Romanum, editio typica tertia, dens påfølgende engelske oversettelse, og den ledsagende Generalinstruksjon, og indtruksjonen Redemptionis Sacramentum, utstedte Jugis liturgiske retningslinjer for bispedømmet Charlotte.[3] I 2006 minnet han presteskapet om at de kunne foreta fotvasken (mandatum) på Skjærtorsdag bare på mannlige sognebarn.[4]
I 2009 støttet biskop Jugis en endring av Nord-Carolinas konstitusjon som forbød samkjønnede ekteskap.[5] Den 23. april 2015 forbød Jugis New Ways Ministry-medgrunnlegger søster Jeannine Gramick fra å tale i St. Peter Catholic Church i Charlotte. En talsperson for bispedømmet sa at bispedømmet avlyste Gramicks opptreden fordi Gramick motsatte seg katolske læresetninger om menneskelig seksualitet.[6]
I april 2018 avga biskop Jugis og biskop Luis R. Zarama av Raleigh en felles uttalelse som ba om reform av føderale immigrasjonslover, og bekreftet behovet for medfølelse og rettferdighet overfor papirløse innvandrere.[7]
I desember 2023 kunngjorde Jugis at Vatikanet hadde approbert bruken av den tridentinske messeliturgi i fire menigheter i bispedømme for de påfølgende to år.[8]
Pave Frans innvilget den 9. april 2024 den da 67 år gamle biskop Peter J. Jugis' tidlige avskjedssøknad.[9] En kronisk nyrelidelse reduserte hans yteevne i et bispedømme med store avstander, og bispeembedets lange seremonier.
