Etter å ha studert teologi i Tübingen ble Paul Leopold Haffner ordinert til prest for bispedømmet Rottenburg den 10. august 1852, hvoretter han var foreleser ved Wilhelmsstift i Tübingen. I 1855 ble han utnevnt til professor i filosofi ved Mainz-seminaret. I 1864 ble han inkardinert i bispedømmet Mainz og i 1866 ble han utnevnt til generalvikar for bispedømmet Mainz. I 1877 ble han tvunget til pensjonering som en følge av den antikatolske Kulturkampf.
Biskop av Nainz
Etter den ni år lange bispevakansen i Mainz bispesete forårsaket av Kulturkampf, ble han utnevnt til biskop av Mainz den 10. juni 1886.
Som biskop av Mainz var Paul Leopold Haffner konstitusjonelt medlem av det førstekammeret i landsstenderne til Storhertugdømmet Hessen fra 1887 til 1899.
Han fikk til en revisjon av de kirkepolitiske lover i Hessen.
Biskop Haffner arbeidet lenge i kirkens tjeneste, både muntlig og skriftlig, og var kjent som en kontroversiell mann. Han var en av hovedtalerne på møtene til de katolske foreninger. I 1880 var Haffner en av deltakerne på Karl Konstantin von Fechenbachs antijødiske konferanse nær Frankfurt am Main.
Uttrykket Bestien, nur Bestien sind es, welche die heutige, die moderne Schule erzieht» (beist bare beist, er de som dagens moderne skole utdanner) tilskrives ham.[3]
