Etter turneen med Yes, som ble kalt In The Present, var han med Strawbs på turné og spilte på deres album Dancing to the Devil's Beat i 2009[2], før han 15. oktober 2009 ble presentert som offisielt medlem av Yes. I oktober–desember 2009 var Wakeman med på Yes' Europa-turné, og han var også med på USA-turnéen i februar og mars 2010. Han var videre med på bandets USA-turné i juni og juli 2010.
Høsten 2010 gikk Wakeman sammen med resten av Yes og produsent Trevor Horn i platestudio for å spille inn låter til et nytt album.[3] Etter at Geoff Downes ble presentert som ny keyboardist i Yes 31. mars 2011[4], var det en stund usikkerhet om Wakemans posisjon i bandet. 9. april 2011 bekjentgjorde Oliver Wakeman på sitt offisielle nettsted at han ikke lengre er medlem av Yes.[5] Yes-albumet Fly from Here[6] inneholder bidrag fra Wakeman som keyboardist på «We Can Fly», «We Can Fly (reprise)» og «Hour of Need», samt at han er medkomponist på låten «Into the Storm». Han spiller også på Yes' konsertalbumIn the Present – Live from Lyon, som ble innspilt i desember 2009 og utgitt november 2011. Mini-albumet From a Page, bestående av tidligere uutgitte låter fra Fly from Here-innspillingene, ble ferdigstilt av Wakeman og utgitt i forbindelse med nyutgivelsen av In the Present – Live from Lyon i 2019.
