Naoko Takahashi (japansk: 高橋尚子, født 6. mai 1972 i Gifu) er en japansk tidligere friidrettsutøver som hovedsakelig konkurrerte i maraton.
Takahashi deltok under VM 1997 på 5000 meter, og kom i mål på 13.-plass. I 1998 vant hun Nagoya maraton, og i 2000 ble hun olympisk mester i maraton under OL i Sydney.