Han var barnebarn av kong Jangsu. Munjas far, Gochudaega Joda (고추대가 조다, 古鄒大加 助多), var utpekt som tronarving av kong Jangsu, men døde før han kunne bekle embedet.
Munja overtok kongekrona i 491. Goguryeo hadde flyttet hovedstaden fra dagens Ji'an langs den øvre delen av Yaluelva til P'yongyang, lengre sør. Dette kom samtidig med økt rivalisering og aggressivitet overfor de andre to koreanske kongedømmene på Koreahalvøya, Silla i sørøst og Baekje i sørvest.
Samguk Sagi skriver at restene av det koreanske kongedømmet Buyeo overgav seg til Goguryeo i 494 etter å ha tapt mot malgalene. Tidlig på 500-tallet begynte Goguryeo å føle det samlede presset fra malgalene, Silla og Baekje.
I 498 fikk han konstruert buddhisttempelet Geumgangsa.
