Caroline Records skrev siden kontrakt med bandet og i 1991 ble platen Spine of God spilt inn. Neste utgivelse, 25............Tab, var en merkelig historie som inneholdt den hele 32 minutter lange låta «Tab...». Bandets talent på scenen gjorde at ting begynte å skje og de fikk platekontrakt med A&M Records. McBain forlot bandet etter personlige konflikter med Wyndorf og Ed Mundell tok over som bassist. Superjudge ble neste utgivelse ut, men solgte heller dårlig, tross låter som «Twin Earth», «Cage Around the Sun» og bluescoveren «Evil». Oppfølgeren Dopes to Infinity fikk en hitsingle i form av «Negasonic Teenage Warhead», men solgte bare en anelse bedre enn Superjudge.
Wyndorf flyttet til Las Vegas i Nevada for å skrive låter til Powertrip (1998), som ble deres store gjennombrudd. På Powertrip tok bandet et steg vekk fra sin vanlige lo-fi stoner rock og mer gitar og trommer ble lagt inn. Den første singlen «Space Lord» ble en stor radiohit og bandet turnerte sammen med band som Aerosmith, Metallica og Marilyn Manson. Gitaristen Phil Cavaino sluttet seg til bandet i 1998.
Deres siste plate på A&M Records ble God Says No (2001). Joe Calandra og Jon Kleiman forlot bandet etter denne grunnet interne konflikter med Wyndorf. De ble erstattet av Jim Baglino og Bob Pantella.
I 2003 skrev Monster Magnet platekontrakt med det europeiske selskapet SPV Records og i 2004 ble Monolothic Baby utgitt i Europa. Den ble senere utgitt i USA på SPV America. Phil Cavaino forlot bandet etter syv års tjeneste i mars 2005. Ifølge Wyndorf skjedde det helt vennskapelig.
Den 27. februar 2006 tok Dave Wyndorf en overdose på reseptbelagte legemidler.
Før Monster Magnet's europeiske turné i 2008 returnerte Caivano til bandet.
Den 24. november 2009 ble det annonsert at Monster Magnet hadde inngått en ny avtale med Napalm Records. Bandet annonserte også at de skulle gå i studio i januar 2010, for å spille inn et nytt album for en sommerutgivelse. Ifølge Wyndorf var bandet veldig fornøyd med plateselskapet.
Det nye albumet Mastermind ble utgitt i oktober 2010. Bandet startet en massiv europeisk turné, i august og deretter i november-desember 2010.
Etter sommeren's europeiske turné i 2010 forlot Ed Mundell bandet etter 18 år. Garrett Sweeny (Riotgod) tok over Ed's plass på resten av turnéen
Høsten 2011 turnerte Monster Magnet og framførte Dopes to Infinity-platen i sin helhet i hele Europa. Ett år senere gjorde de det samme med deres 1992-album "Spine Of God".
"Last Patrol" ble utgitt i Nord-Amerika 15. oktober 2013. Den offisielle Monster Magnet-nettsiden annonserte også en nordamerikansk turné til albumet, deres første på ti år. Imidlertid ble de resterende showene i midten av desember kansellert på grunn av at Wyndorf hadde influensa. Turnéen ble gjenopptatt i Europa i januar og fortsatte gjennom februar. Wyndorf uttalte at bandet ville spille hele "Last Patrol" på hver konsert.
