Mikronesiaføderasjonens flagg ble tatt i bruk 10. november 1979. Den blå bakgrunnen representerer Stillehavet, mens de fire stjernene representerer de fire øygruppene i føderasjonen: Chuuk, Pohnpei, Kosrae og Yap. Flaggduken er av samme valør som FN-flagget, et minne om øygruppens tidligere status som tilsynsområde under FN.[1]
Et lignende flagg med seks stjerner var i bruk fra 1965 for Trust-Territoriet. Kosrae var da en del av Pohnpei og disse ble derfor bare representert av en stjerne. De tre gjenstående stjernene representerte Palau, Marshalløyene og Nord-Marianene som valgte å ikke ta del i føderasjonen.