Seiffert var sønn av en lærer. Han studerte hos i Berlin hos Philipp Spitta og tok doktorgraden på en avhandling om Jan Pieterszoon Sweelinck og hans tyske elever (Jan Pieterszoon Sweelinck und seine direkten deutschen Schüler, Berlin, 1891). Fra 1909 underviste han ved musikkhøyskolen i Berlin og Akademie für Kirchen- und Schulmusik.
Som ekspert på musikk fra 1600- og 1700-tallet, redigerte han utgaver av flere tidlige komponisters verk, blant annet Sweelincks i 12 bind og en mengde av Händels.