Lincoln University er et delstateid universitet i Jefferson City i delstaten Missouri, USA. Det ble opprettet i 1866 som et av de såkalte historiske svarte læresteder i USA.
Ved universitetet var det 3 224 studenter og 199 vitenskapelig ansatte i 2006, og samme året var skolepengene US$ 5 123 for studenter folkeregistrert i Nebraska. Studiene gis opp til mastergradsnivå.