Karljohansvern plante- og dyrefredningsområde ligger øst for kanalen i Horten kommune. Området er delt i to soner med differensierte vernebestemmelser.[4] Sonene er adskilt med adkomstveien til Sjømilitære samfund.
I den minste sonen er det flere hule eiketrær som antas å være mange hundre år gamle. Slike hule trær er avgjørende for det biologiske mangfoldet. I dette området er det funnet 27 forskjellige billearter, alle er rødlistede og to av dem er ikke tidligere funnet i Norge.[5]
I den største sonen, drives litt hogst etter godkjent forvaltningsplan. Her finnes misteltein i trekronene, og et rikt fugleliv.