Johan Hjort vokste opp på Bestum som nest eldst i en søskenflokk på seks. Han gikk på Ullern gymnas og fikk examen artium våren 1940 og 1. avdeling jus våren 1942. Hans far ble internert i Tyskland samme år etter et opphold på Grini. Da han hadde to tyske svogre med gode kontakter, ble det ordnet slik at familien ble sendt til Tyskland og innkvartert på familiens slott Gross Kreutz vest for Berlin. Der begynte Johans søster Wanda å oppsøke og registrere norske konsentrasjonsleirfanger, og familien og flere andre nordmenn ble med i arbeidet, noe som ble grunnlaget for grev BernadottesRøde Kors-aksjon med de hvite bussene våren 1945. Etter kapitulasjonen ble Johan Hjort igjen i Hamburg med status som britisk løytnant i Norwegian Relief Corps og fortsatte sammen med korpset arbeidet med å få alle nordmenn hjem til Norge før han selv returnerte og fortsatte å studere. Han ble cand.jur. i 1946.
Etter studiene fulgte jobb som sekretær i Fengselsstyret i Justisdepartementet. Deretter var han blant annet dommerfullmektig i Telemark før han begynte i sin fars firma som advokatfullmektig. På den tiden hadde de mange landssviksaker, noe som gav erfaring innen strafferett. I 1957 tok han advokaturen. Fra 1968 til 1982 var han fast forsvarer i Høyesterett og i mer enn 30 år var han forsvarer eller prosessfullmektig. Advokatfirmaet vokste sterkt i hans tid og var et av de største i Oslo da han sluttet som aktiv kompanjong.
Johan Hjort hadde en variert saksportefølje, noen av disse var mye omtalt. Foruten de før nevnte landssviksakene kan nevnes at han blant annet var involvert i de mye omtalte rettssakene mot Børre Knudsen og Ludvig Nessa. Han førte også saken for politiet i den kjente politivold-saken i Bergen. Han vil også bli husket for sitt arbeid med ytringsfrihet.
Verv
Medlem av hovedstyret i Den Norske Advokatforening 1974–77 og formann 1979–81, dessuten styremedlem i Oslo krets 1964–73, formann fra 1971.
Formann i utvalget for DNA-analyse i straffesaker 1992–93.