Novotná vant 24 single- og 76 doubleturneringer i løpet av sin tenniskarriere og som best var hun nummer 2 (1997) på rangeringen over verdens beste kvinnelige singlespillere. Hun vant 17 Grand Slam-titler, én i single, tolv double og fire i mixed double.[13]
Hun spilte sin første Grand Slam-finale i 1991 da hun møtte Monica Seles i Australian Open og tapte. I 1993 spilte hun sin andre Grand Slam-finale, i Wimbledon. Hun hadde på veien til finalen beseiret både Gabriela Sabatini og Martina Navrátilová. I finalen møtte hun Steffi Graf og etter 1–1 i sett ledet Novotná 4–1 i det siste og avgjørende settet og var på vei mot sin første Grand Slam-tittel. Men Graf snudde kampen og vant siste sett 6–4 etter at spillet til Novotná gikk fullstendig i vranglås. En gråtende Novotná ble trøstet av Katharine, hertuginne av Kent.[14]
Hun tapte også Wimbledon-finalen i 1997, da til Martina Hingis. Året etter, i Wimbledon, møtte hun Martina Hingis i semifinalen og fikk sin revansj, og i finalen beseiret hun Nathalie Tauziat fra Frankrike og tok sin første og eneste Grand Slam-tittel i single. Tauziat var for øvrig den første franske kvinnelige finalisten i Wimbledon siden 1925 og Novotná ble med sine 29 år og 9 måneder den eldste spilleren som har vunnet singletittelen i Wimbledon i «Open Era» (etter 1968).
