I 1960 var han den første quarterbacken draftet av Houston Oilers’ historie. Han delte stillingen med George Blanda i 1960 og 1961, to år der Oilers vant ligatittelen. I 1961 kastet Lee for 457 yards mot Boston Patriots, en daværende AFL-rekord, og satte nok en ligarekord med en 98-yard touchdown til Willard Dewveall mot Chargers. Lee og Blanda kastet samlet 38 touchdowns for Oilers i 1961. Lee spilte i alle kampene til Oilers mellom 1961 og 1963.
I 1964 var han den første spilleren som ble sendt på lån til et annet lag. Han gikk på lån til Denver Broncos og returnerte til Oilers to år senere. Med Denver kastet han blant annet 370 yards i en halvdel av en kamp mot Oakland Raiders.
I 1967 ble Lee byttet til Kansas City Chiefs etter fire kamper. I løpet av hans tre år med Chiefs var han stort sett reserve for Len Dawson. Han var en del av laget som i 1969 vant ligatittelen i AFL og Super Bowl IV.
Han var en av kun 20 menn som spilte i alle de ti årene AFL eksisterte.
Etter spillerkarrieren
Lee la opp i 1970 etter en skulderskade, og hadde deretter en vellykket karriere som eiendomsmegler i Houston.[2]
