Byen ligger på øya Guadalcanal. Administrativt er den et område for seg sjøl, mens øya for øvrig utgjør provinsen Guadalcanal. Inntil andre verdenskrig var Tulagi hovedstad, men denne byen blei så sterkt ødelagt under krigen at en valgt å flytte administrasjonen til Honiara, som var nyoppbygd og i god stand ettersom USA hadde brukt stedet som en av sine større baser i Stillehavet.
Honiara ligger på nordkysten ved utløpet av Matanika-elva. Ei smal 12 km lang kyststripe danner det meste av byen, men i de seinere år er det kommet ny bebyggelse i åsene ovenfor.
Øst for byen ligger Honiara lufthavn, landets eneste internasjonale flyplass. Den ble opprinnelig bygd opp under andre verdenskrig og gikk i mange år under navnet Henderson airfield.
Klimaet er tropisk med dagtemperaturer på rundt 28 grader celsius. Sjøtemperaturen er omtrent den samme. Normal årlig nedbør er 2154 mm, noe som er mindre enn generelt på Salomonøyene – og atskillig mindre enn på den værharde sørkysten av Guadalcanal.
