Henrik Steffens Hagerup var sønn av Caspar Peter Hagerup (1777–1840) som var by- og rådstueskriver i Kalundborg, senere sorenskriver i Flekkefjord. Moren het Ulrikke Eleonore Steffens (død 1852), søsteren til Henrik Steffens (1773–1845), filosof. Han var bror til forfatterinnene Emma Hagerup (1812–85) og Augusta Hagerup (1814–98).
Henrik Steffens Hagerup giftet seg i 1830 med Nicoline Christine Jenssen (1808–1862), som var datter av grosserer i Trondheim Matz Jenssen og søster til Jens Nicolai Jenssen. Deres sønn George Francis Hagerup (1853–1921) var født i Horten, oppvokst i Trondhjem, og ble statsminister. Sønnen Henrik Steffens Hagerup (født 1840) ble også sjøoffiser.
Karriere
Han gikk på Søkadetinstituttet ved Fredriksvern 1819–24 og ble sekondløytnant i marinen. Videre studerte han i Breslau og ved Den militære høyskole i Kristiania 1826–27. Som premierløytnant var han 1828–32 detaljør og hydrograf for den nordlandske kystoppmåling, et virke han fortsatte 1835–38 som trigonometrist ved Norges geografiske oppmåling fra Tromsø til Vadsø.
I tiden 1840–47 underviste han ved Søkadetinstituttet foruten å være marinens tøymester 1841–56 og å sitte i diverse kommisjoner. Han fikk opprykk til kapteinløytnant i 1841 og kaptein i 1854. Han ble innvalgt på Stortinget i 1848, 1851 og 1854 for Jarlsberg og Larviks amt, alltid som medlem av militærkomiteen. Etableringen av Den tekniske skole i Carljohansvern (senere Horten tekniske fagskole) kom som følge av at han den 14. august 1854 tok saken opp i Stortinget.
Fra 1855 Henrik Steffens Hagerup han medlem i en kommisjon for Udarbejdelse af en Plan for Rigets fremtidige Søstyrke.
Han ble kontreadmiral i 1856, og utnevnt til statsråd den 31. mars 1856, som leder for Marinedepartementet. Han holdt stillingen til 1. oktober 1859, erstattet av Hans Christian Petersen, som forøvrig hadde vært hans stedfortreder i to perioder da Hagerup måtte være minister i Sverige.[4]