Gabriel Gruber inntrådte i 1755 i jesuittordenen. Han fikk det meste av sin formasjon og utdannelse i Østerrike: Latin og gresk i Leoben (1757–1758), teologi, filosofi og matematikk i Graz (1758–60), språk i Wien (1760–61), matematikk i Trnava (Slovakia, 1761–62), og atter teologi i Wien (1763–67).
I 1768 flyttet han til Ljubljana (Laibach). Der underviste han fra 1769 til 1786 underviste han i matematikk, mekanikk, hydraulikk og ingeniørfag. Siden tidlig i livet hadde Gruber vært en ivrig modellskipbygger, og noen av de undervisningshjelpemidler som ble anvendt på skolen for maskintenikk var skipsmodeller han hadde utført der mellom 1774 og 1783.
Før de ble inntatt i samlingene til Sjøfartsmuseet i Piran var disse modellene ved Nasjonalmuseet i Ljubljana. Noen av Grubers andre modeller hadde vært i Pula i Kroatia, men de forsvant da den italienske hær trakk seg tilbake i 1943. Blant de andre Gruber-modellene ved Sjøfartsmuseet er en venetiansk slaggallion, en lastegalleon for den venetianske lagune, en korvett, en skonnert og et rustverk for skipskonstruksjon.
Skolen underviste i skipsbygging og havneutrustning, og Gruber hadde som ønske å bygge en lite verftsanlegg i nærheten.[trenger referanse] Dette viste seg å bli alt for kostbart. Fra 1772 til 1781 var Gruber direktør for navigasjonsledelse i Ljubljana, som hadde ansvaret for forbedringer av navigasjonen på elvene Sava, Kolpa og Ljubljanica.
Ut av jesuittordenen
Etter at pave Klemens XIV oppløste jesuittordenen i 1773, fortsatte Gruber som ingeniør ved keiser Josef II til 1784.
Fra 1772 i 1780 ble det som senere ble kalt Gruberkanalen bygd. Hensikten var å forbedre utfloden av vann fra Ljubljanasumpene og dermed beskytte byen Ljubljana fra oversvømmelser. Arbeidene ble utført under Grubers overoppsyn til 1777, da han ble avløst av Vincenc Struppi, etter store overskridelser og til og med tvil om hans integritet.[trenger referanse]
Han var samtidig arkitekt for og byggmester for Gruberpalasset — et enormt rokokkobygg som opprinnelig var hans herregård — til bruk for hans forskning innen fysikk og hydraulikk. Det hadde også et astronomisk observatorum. Paléet ble kjøpt av en bank i 1887, og har huset det slovenske statsarkiv siden 1965.
Med bosted i St. Petersburg, og som nær fortrolig med tsar Paul I, drøftet Gruber ofte med han jesuittordenens anliggender, etter avtale med Franciszek Kareu, som var jesuittenes generalvikar i Russland.[trenger referanse] I 1797 ble han offisielt pater Kareu assistent.
Generalsuperior for Jesu Selskap i Russland (... og Napoli)
Da pater Kareu døde den 30. juli 1802, valgte generalforsamlingen i Polatsk den 10. oktober samme år Gruber til sin nye general. Det skjedde bare noen få måneder etter at pave Pius VII i skrivet Catholicae fidei (1801) hadde approbert de russiske jesuitters eksistens og utnevnt den midlertidige vikar (Franciszek Kareu) til generalsuperior for Russland. Gruber ekspanderte ordenens virksomhet ved å åpne en rekke stasjoner blant volgatyskere (Saratov, 1803), Odessa (1804) og Astrakhan (1805) der det ble utviklet skoler og landsbruksvirksomhet. På det politiske område utviklet det seg imidlertid problemer både med tsar Paul I så vel som den lokale biskop av Polatsk.
Samtidig skjøt bevegelsen mot jesuittordenens generelle gjenopprettelse fart. I kjølvannet av den franske revolusjon var den politiske opposisjon mot dette blitt svekket ved Bourbon-hoffene. I 1803 ble jesuittene ved Stonyhurst College i England fjort til medlemmer av den russiske jesuittprovins. En uavhengig gruppe av eks-jesuitter kalt «troens fedre» ble affiliert i 1805. Det ble etablert kontakter med eks-jesuitter i Maryland (USA). I 1804 ble jesuittenes eksistens offisielt anerkjent i Napoli, og Gruber ble Generalsuperior for Jesu Selskap i Russland og Napoli). Det var under planlegging å sende en ekspedisjon jesuitter landeveien østover til Kina da Gruber døde etter en brann i hans residens i St. Petersburg den 7. april 1805.