Øyene er fordelt i tre grupper av mindre øyer. Lengst vest ligger Eilean a' Ghobha, Roairearn og Bròna Cleit. I øst ligger Eilean Mòr, Eilean Tighe, Hamasgeir, Làmh an Sgeire Mòire, Làmh a' Sgeire Bheag, Dearc na Sgeir og Gealtaire Beag. Sør for Eilean Mòr gruppen ligger Soraigh, Sgeir Toman og Sgeir Righinn. Alle disse holmene er omgitt av mindre navnløse klippeskjær.
På den største øya, Eilean Mòr, ligger et fyr. Siden dette ble automatisert i 1971 har det ikke bodd mennesker på øyene.
Flannan Isles og fyret på Eilean Mòr er kjente som åstedet for en mystisk forsvinning i 1900. Dampskipet Archtor passerte øyene 15. desember, og oppdaget at fyret ikke var tent. Dette ble rapportert, og da en båt med avløsningsmannskap ankom 26. desember fant de fyret tomt. Det var ikke spor av de tre fyrvokterne som hadde vært på øya, og det var tegn til at fyrbygnigen hadde blitt forlatt i all hast.[2] Dette ga opphav til flere spekulasjoner og teorier, blant de mer fantasifulle at fyrvokterne hadde blitt tatt av et sjøuhyre eller bortført av utenlandske spioner. Den offisielle granskningen konkluderte med at de hadde blitt skylt på havet av en stor bølge.
