Bernardo ble født i Pisa, men lite er kjent om hans bakgrunn. Fra 1400-tallet er han vanligvis blitt identifisert som et medlem av familien Paganelli di Montemagno som tilhørte adelen i Pisa, men dette er ikke bevist, og motsies av andre vitnemål som antyder at han var en mann av langt mer beskjeden opprinnelse.[2] Mellom 1133 og 1138 fungerte han som vicedominus av erkebispesetet i Pisa. Under påvirkning fra Bernhard av Clairvaux gikk han inn i Cistercienserordenen i klosteret i Clairvaux i 1138. Et år senere kom han tilbake til Italia som leder for ordenen i Scandriglia. I 1140 gjorde pave Innocent II ham til abbed av klosteret S. Anastasio alle Tre Fontane utenfor Roma. Kanskje på samme tid ble han også opphøyet til kardinalenes kollegium[3], skjønt nøyaktigheten i disse vitnemålene for hans kardinalsverdighet er blitt bestridt.[4]
Pontifikat
Bernardo ble valgt til pave i februar 1145 og tok navnet Eugenius III. Utnevnelsen skyldtes delvis det faktum at ingen andre var særlig ivrige etter å innta en posisjon med plikter som på den tiden var vanskelige og farlige, men hovedsakelig at han var en venn og en elev av Bernhard av Clairvaux, den mest innflytelsesrike geistlige i vestkirken, og en sterk tilhenger av pavens verdslig autoritet. Valget hadde derimot ikke Bernhards godkjennelse. Tvert om var han uenig i valget på grunn av «uskylden og enkelheten» til Eugenius III; men i ettertid dro han fordel av de egenskapene hos den nye paven som han tidligere hadde protestert mot.
I bortimot hele hans pavetid var det ikke mulig for Eugenius III å bo i Roma. Knapt hadde han forlatt byen for å bli innviet i klosteret Farfa, rundt 40 km nord for Roma, før borgerne under påvirkning av Arnold av Brescia (en motstander av pavens verdslige makt) gjeninnførte den gamle romerske konstitusjonen, og valgte Giordano Pierleoni som«patrisier». I Tivoli i Italia appellerte Eugenius III om hjelp fra Roger II av Sicilia og fra italienske byer som lå i strid med Roma. Roger II sendte sin general Robert av Selby. Med denne støtten lyktes han i å gjenerobre autoriteten i byen, men da han ikke kunne gå med på en forrædersk overenskomst mot Tivoli, ble han på nytt tvunget til å forlate byen i mars 1146. Han oppholdt seg for en tid i Viterbo og deretter i Siena, men dro til slutt til Frankrike.
Han holdt kirkemøte i Nord-Europa, i Paris, Reims og Trier i 1147 og 1149, viet reformering av prestelivet. Han betraktet og godkjente også verkene til Hildegard von Bingen. I 1149 dro Eugenius III tilbake til Italia og tok bolig i Viterbo. Han flyktet til prins Ptolemeus II av Tusculums festning i Tusculum den 8. april, der han møtte korsfarerkongen Ludvig VII av Frankrike og hans hustru Eleanora av Aquitaine på vei tilbake fra Det hellige land. Ekteparet ba om skilsmisse, men han nektet å innvilge dette. Han ble i Tusculum fram til 7. november. I 1150, med hjelp fra kongen av Sicilia, var han igjen i stand til å reise til Roma, men uenigheten med republikanerne tvang ham deretter til å trekke seg tilbake.
Keiser Fredrik I Barbarossa hadde lovet ham hjelp mot hans opprørske undersåtter, men Eugenius III døde i Tivoli den 8. juli 1153, og keiserens hjelp kom derfor aldri. Selv om Romas borgere mislikte pavens kamp for å øke sin verdslige makt, anerkjente de ham som sitt åndelige overhode. Han ble gravlagt i Vatikanet med alle æresbevisninger, og hans grav fikk siden berømmelse som åsted for mirakuløse helbredelser.
^En artikkel Eugenio IIIArkivert 23. september 2015 hos Wayback Machine. antyder at selv om noen samtidige kilder betraktet ham som en kardinal er dette resultat av en forvirring i klosteret S. Anastasio med kardinaltittelen titulus av S. Anastasia, og konkluderte med at han var ikke en kardinal. Meningene angående Bernardos kardinalverdighet har delt historikerne, se Zenker, B.: Die Mitglieder des Kardinalkollegiums von 1130 bis 1159, Würzburg 1964, s. 184-187 (Zenker selv heller til å akseptere at Bernardo faktisk ble opphøyd til kardinal)